Die Fußball-Stadtliga Berlin 1963/64 war die 12. Spielzeit der vom Bezirksfachausschuss (BFA) Fußball Berlin (Ost) durchgeführten Bezirksliga Berlin und die siebte unter der Bezeichnung Stadtliga. Sie war die höchste Spielklasse in Berlin (Ost) und nach der Abschaffung der II. DDR-Liga wieder die dritthöchste im Ligasystem auf dem Gebiet des DFV.
Der Vorjahresabsteiger aus der II. DDR-Liga Lichtenberg 47 sicherte sich mit einem Punkt Vorsprung auf Titelverteidiger Fortuna Biesdorf seinen zweiten Stadtmeistertitel und qualifizierte sich für die Aufstiegsrunde zur DDR-Liga. In dieser belegten sie in der Gruppe B den vierten Rang und verblieben in der Bezirksliga.
In eine der untergeordneten Stadtklassestaffeln stiegen nach zwei Spielzeiten die SG Hohenschönhausen, Vorjahresaufsteiger Motor Treptow und nach vierjähriger Zugehörigkeit die BSG Turbine BEWAG Berlin ab. Im Gegenzug stiegen zur Folgesaison aus der Staffel A Vorjahresabsteiger Einheit Weißensee und aus der Staffel B die SG Dynamo Adlershof als Stadtliganeuling in die Stadtliga auf. Aus der DDR-Liga kam die BSG Motor Köpenick dazu.
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte aufgelistet und die Gastmannschaft in der obersten Reihe.
