Die Saison 2006/2007 der 2. Handball-Bundesliga ist die 26. in ihrer Geschichte und startete wie in den Jahren zuvor mit einer Nord- und einer Südstaffel. 37 Mannschaften spielen um den Aufstieg in die höchste deutsche Spielklasse. Die erstplatzierten Vereine der Tabelle steigen direkt in die 1. Handball-Bundesliga auf. Die letzten zwei Vereine jeder Staffel müssen den Gang in die Regionalliga antreten.
Modus
Der Modus ist jeder gegen jeden mit einem Heim- und Auswärtsspiel. Die erstplatzierte Mannschaft jeder Staffel steigt am Ende der Saison direkt in die 1. Handball-Bundesliga auf. Die zweitplatzierten spielen mit einem Bundesligist den dritten Aufsteiger aus. Die letzten zwei Mannschaften jeder Staffel steigen direkt in die Regionalliga ab. Die drittletzten jeder Staffel spielen den letzten Absteiger aus. Bei Punktgleichheit entscheidet die bessere Tordifferenz. Bei gleicher Tordifferenz sind Entscheidungsspiele anzusetzen.
* Die SG Leutershausen zog sich noch vor dem Saisonstart aus der 2. Bundesliga zurück. ** Die HBR Ludwigsburg löste die Spielgemeinschaft auf und zog sich zurück.